新奇微生物の探索に関する研究 (Isolation of novel microbes)
T.Matsui, N. Shinzato, H.Tamaki, M. Muramatsu, and S. Hanada, Shinella yambaruensis sp. nov, a 3-methyl sulfolane assimilating bacterium isolated from soil in Okinawa. Int. J. Syst. Environ. Microbiol., 59:536-539 (2009) 沖縄北部（やんばる地方）から分離した細菌が新種であることが認められ、ヤンバルエンシスと命名された。
T.Matsui, G.Tokuda, and N.Shinzato, Termites as functional gene resources, Recent Patents on Biotechnology, (2009), 3, 10-18. シロアリおよびその共生微生物は多様な機能を有しており、産業利用に有用であるという解説をした。
Matsui, J. Tanaka, T. Namihira, N. Shinzato, Antibiotics production by an actinomycete isolated from the termite gut. J Basic Microbiol, 52:731-735 (2012) シロアリ腸管から分離した微生物（放線菌）が抗菌物質を生産するという報告。
Matsui, H. Semba, S. Hanada, Citricoccus yambaruensis sp. nov., a racemic phenylsuccinate stereospecifically assimilating actinomycete. J. Gen. Appl. Microbiol. 58:373-378 (2012) 沖縄北部（やんばる地方）から分離した細菌が新種であることが認められ、ヤンバルエンシスと命名された。
環境浄化に関する研究 (Bioremediation)
バイオ脱硫 (Biodesulfurization)
El Bassi, N. Shinzato, T. Namihira,T.Matsui, Biodegradation of thiodiglycol, a hydrolyzate of the chemical weapon Yperite, by benzothiophene-desulfurizing bacteria., J Hazard Mater, 167:124-127 (2009) 松井研で新規に分離したバイオ脱硫菌が化学兵器の加水分解物であるチオジグリコールを分解したという報告
Matsui and K. Maruhashi, Isolation of carotenoid deficient mutant from alkylated dibenzothiophene desulfurizing nocardioform bacteria, Gordonia sp. TM414. Curr. Microbiol. 48 130-134 (2004) 新規に分離したバイオ脱硫菌TM414がβカロテンのようなカロテノイドを生産するが、その生合成遺伝子を明らかにした。
Matsui, Y. Tanaka, K. Maruhashi, and R. Kurane, Naphtho [1,2-b] thiophene degradation by Pseudomonas sp. HKT554: Involvement of naphthalene dioxygenase. Curr. Microbiol. 46, 39-42 (2003) 沖縄土壌より分離したHKT554株が酸性雨の原因物質であるナフトチオフェンを分解することとその分解関連遺伝子を明らかにした。
Matsui, K. Noda, Y. Tanaka, K. Maruhashi, and R. Kurane, Recombinant Rhodococcussp. strain T09 can desulfurize DBT in the presence of inorganic sulfate. Curr. Microbiol. 45, 240-244 (2002)
T.Matsui, T.Onaka, K.Maruhashi, and R.Kurane, Benzo[b]thiophene desulfurization by Gordonia rubropertinctus strain T08. Appl. Microbiol. Biotechnol. 57, 212-215 (2001).
T.Matsui, K.Hirasawa, K. Koizumi, K.Maruhashi, and R.Kurane, Dibenzothiophene desulfurizing genes copy number optimization to increase the desulfurization activity of recombinant Rhodococcus sp. Biotechnol. Lett. 23, 1715-1718 (2001)
T.Matsui, K.Hirasawa, J.Konishi, Y.Tanaka, K. Maruhashi, and R.Kurane, Microbial desulfurization of alkylated dibenzothiophene and alkylated benzothiophene by recombinant Rhodococcus sp. strain T09. Appl. Microbiol.Biotechnol. 56, 196-200 (2001) 遺伝子組換えによりバイオ脱硫菌の分解スペクトルを拡大することに成功した。
T.Matsui, K.Hirasawa, K.Koizumi, K.Maruhashi, and R.Kurane, Effect of dsz D gene expression on benzothiophene degradation of Rhodococcus sp. strain T09. Proc. Biochem. 37, 31-34 (2001). dszD遺伝子のコードする酵素がベンゾチオフェン分解活性に関係していることを明らかにした。
T.Matsui, T.Onaka, Y.Tanaka, T.Tezuka, M.Suzuki, and R.Kurane, Alkylated benzothiophene desulfurization by Rhodococcus sp. strain T09. Biosci. Biotech. Biochem. 64,596-599 (2000) 新規に分離したT09株が酸性雨の原因物質であるアルキルベンゾチオフェンを分解できることを明らかにした。
微生物分解（Biodegradation）
El-Bassi, H. Iwasaki, H. Oku, N. Shinzato,T. Matsui, Biotransformation of benzothiazole derivatives by thePseudomonas putida strain HKT554. Chemosphere, 81:109-113 (2010) 人工タイヤ製造時に使用される加硫促進剤ベンゾチアゾールを酸化する微生物の機能を明らかにした。
Matsui, K. Kato, T. Namihira, N. Shinzato, and H. Semba, Stereospecific degradation of phenylsuccinate by actinomycetes. Chemosphere, 76:1278-1282 (2009) ラセミ体フェニルコハク酸を立体選択的に分解する微生物の発見と性質を明らかにした。
T.Matsui, A. Miura, T. Iiyama, N. Shinzato, H. Matsuda, and K. Furuhashi, Effect of fatty oil dispersion on oil-containing wastewater treatment. J. Hazard. Mater. 118 255-258 (2005). 油脂を含む厨房排水処理において高負荷処理の場合の問題点を明らかにした。
生産性向上に関する研究（Process optimization）
高密度培養(High cell density cultivation)
H. Ramadhan,T. Matsui, K. Nakano, H. Minami, High cell density cultivation ofPseudomonas putida strain HKT554 and its application for optically active sulfoxide production. Appl. Microbiol. Biotechnol., 97:1903-1907 (2013)
Matsui, T. Togari, S. Misawa, T. Namihira, N. Shinzato, H. Matsuda, and S. Sato, Optimized culture conditions for the efficient production of porcine adenylate kinase in recombinantEscherichia coli. Appl Biochem Biotechnol, 162:823-829 (2010)
Matsui, H. Sato, H. Yamamuro, N. Shinzato, H. Matsuda, S. Misawa, and S. Sato, High Cell Density Cultivation of recombinantE.colifor hirudin variant 1 production by temperature shift controlled by pUC18-based replicative origin. Appl. Microbiol. Biotechnol., 80:779-783 (2008)
Matsui,, H. Sato, H. Yamamuro S. Misawa, N. Shinzato, H. Matsuda, J. Takahashi, and S. Sato, High cell density cultivation of recombinantEscherichia colifor hirudin variant 1 production., J. Biotechnol, 134: 88-92 (2008)
ノカルディオフォーム放線菌 (Nocardioform bacteria)
Matsui, H. Saeki, N. Shinzato, and H. Matsuda, Analysis of the 7.6 kb cryptic plasmid pNC500 fromRhodococcus rhodochrousB-276 and construction of Rhodococcus-E.coli shuttle vector. Appl. Microbiol. Biotechnol. 74 169-175 (2007)
T.Matsui, H. Saeki, N. Shinzato, and H. Matsuda, Characterization of a Rhodoccoccus-E.coli shuttle vector, pNC9501 constructed from the cryptic plasmid of a propene-degrading bacterium. Curr. Microbiol.52 445-448 (2006)
T.Matsui, and K.Furuhashi, Asymmetric oxidation of isopropyl moieties of aliphatic and aromatic hydrocarbons by Rhodococcus sp. 11B. Biosci. Biotech. Biochem., 59, 1342-1344(1995)
食品関連微生物 (Food Microbiology)
El Bassi, M. Hassouna, N. Shinzato, andT. Matsui,Biopreservation of refrigerated and vacuum-packed Dicentrarchus labrax by lactic acid bacteria. J. Food Sci., 74:335-339 (2009)
Shinzato, T. Namihira, Y. Tamaki,M. Tsukahara, andT. Matsui, Application of random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis coupled with microchip electrophoresis for high-resolution identification ofMonascus strains. Appl. Microbiol. Biotechnol, 82:1187-1193 (2009)
環境関連微生物 (Environmental Microbiology)
Namihira, N. Shinzato, H. Akamine, H. Maekawa,T. Matsui, Influence of nitrogen fertilization on tropical-grass silage assessed by ensiling process monitoring using chemical and microbial community analyses. J. Appl. Microbiol., 108: 1954-1965 (2010)
T.Matsui, Isolation of moderately halophilic bacteria from Tunisian soil samples and transformation by electroporation using a Escherichia coli-Halomonas spp. shuttle vector., Ind. J. Biotechnol., In press.
Ueno, N.T. Quyet, N. Shinzato,T. Matsui, Antifungalactivity of microbes obtained from subtropical region, Okinawa, againstMagnaporthe oryzae., Trop. Agr. Develop., In press.
著書（総説・論説・評論等）Review etc.
・松井 徹、有機硫黄化合物分解菌の解析と応用－バイオ脱硫研究の新たな展開－、ケミカルエンジニヤリング, 50 684-687 (2005)
・松井 徹、「バイオ脱硫菌の可能性」 、硫酸と工業、59: 1-5 (2006)
・T.Matsui, G.Matsuzaki, and N. Shinzato, Genetic Vectors for Corynebacterineae, (2007) Genetic Vectors Research Focus, Nova Science Publishers, Inc, NY, pp.243-257.
特許 (Patents)
特開1994-261786 光学活性エピハロヒドリンの製造法
特開1994-339396 光学活性な２，３−ジクロロプロパノールまたはそのエステルの製造方法
特開1995-059581 微生物によるハロアルカン酸の製造方法
特開1995-059593 光学活性なカルボン酸、イソカルボン酸、又はイソアルカノ−ルの製造方法
特開1995-115982 難水溶性基質の好気的発酵方法及び難水溶性基質の発酵生産物の製造方法
特開1996-070888 光学活性なエポキシドの製造方法
特開1996-256791 光学活性なエピハロヒドリンの製造法
特開1996-256792 光学活性なエポキシドの製造法
特開1997-192186 光学活性2.2-ジメチル1,3-ジオキソラン4-メタノ－ルの製造方法
特開2000-245446 微生物脱硫法
特開2000-078980 キャンディダ トロピカリス由来の ＡＲＳ遺伝子ＤＮＡ
特開2001-259673 含油排水の処理方法
特開2001-029065 RベンゾチオフェンおよびRジベンゾチオフェンを分解する微生物脱硫法
特開2002-223767 組換え脱硫菌
特開2004-049071 微生物によるチオジグリコール類の分解方法
特開2004-113104 微生物による有機化合物の分解方法
特開2004-113117 組換え微生物を用いた高品質な脱硫法
特開2007-182584 微生物脱硫法
特開2008-206424 ジオール化合物の製造方法
特開2011-244797 マラリア原虫増殖の抑制に関与する細菌、マラリア治療剤及び治療剤の生産方法
